Zasada neutralności ponad rygorem rejestracji podatnika VAT – analiza wyroku WSA w Gliwicach (I SA/Gl 680/25)

Wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Gliwicach z 16 lutego 2026 r. (sygn. akt I SA/Gl 680/25) stanowi istotne rozstrzygnięcie dla podatników, którzy z opóźnieniem zidentyfikowali obowiązek rejestracji jako czynni podatnicy VAT. Sąd zmierzył się z pytaniem, które w realiach konkretnej sprawy okazało się brzemienne w skutkach: czy brak terminowej rejestracji może pozbawić przedsiębiorcę prawa do odliczenia podatku naliczonego, skoro przesłanki materialne tego prawa zostały spełnione?

Organy podatkowe uznały, że tak – wymogi formalne związane z rejestracją stanowią dla nich wystarczającą podstawę do odmowy odliczenia. WSA w Gliwicach nie podzielił tego poglądu. Sięgając do unijnej zasady neutralności VAT oraz orzecznictwa Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej, sąd wywiódł, że prawo do odliczenia podatku naliczonego ma charakter fundamentalny i nie może być niweczyć przez uchybienie o charakterze wyłącznie formalnym, jeśli nie doszło do nadużycia prawa ani uszczuplenia należności podatkowych.

Orzeczenie to przypomina, że system VAT jest zbudowany na zasadzie neutralności – i że zasada ta musi być respektowana również wtedy, gdy podatnik nie dopełnił w terminie obowiązków rejestracyjnych.

Stan faktyczny – czego dotyczyła sprawa?

Podatniczka od 2020 roku do czerwca 2022 roku prowadziła działalność gospodarczą polegającą na sprzedaży odzieży za pośrednictwem portali sprzedażowych, takich jak Allegro oraz Facebook. Dnia 13 września 2020 r. przekroczyła limit zwolnienia podmiotowego 200 000,00 zł ustanowiony w art. 113 ust. 1 ustawy o VAT.

Dnia 7 czerwca 2022 roku, podatniczka użyczyła swoje konto na portalu Allegro synowej, która kontynuowała na nim sprzedaż odzieży. Ostatnia faktura wystawiona na nazwisko podatniczki pochodzi z początku 2022 r. i została wystawiona przez firmę kurierską.

Naczelnik Urzędu Skarbowego 16 czerwca 2023 r. wszczął wobec podatniczki kontrolę podatkową w zakresie ustalenia zobowiązania w podatku od towarów i usług (VAT) za okres od stycznia 2022 r. do grudnia 2022 r. Postanowieniem z 21 grudnia 2023 r. organ pierwszej instancji wszczął wobec podatniczki postępowanie podatkowe w tej sprawie. Stwierdził on, że nie opodatkowując transakcji sprzedaży podatkiem od towarów i usług za okres od stycznia do grudnia 2022 r., podatniczka zaniżyła dostawę towarów na terytorium kraju, opodatkowaną stawką podatku VAT 23% o łączną kwotę netto: 308.301 zł i kwotę podatku VAT: 70.909 zł.

W trakcie postępowania podatkowego podatniczka wskazała, że wszelkie transakcje dokonane po 7 czerwca 2022 r. to transakcje w ramach działalności gospodarczej synowej. Powodem zawarcia umowy użyczenia konta zaś był fakt, że konto to było już wypromowane, posiadało pozytywne opinie i statystyki. Z tego względu synowa skarżącej nie zakładała nowego kontra, lecz posłużyła się kontem strony. Strona podała, że środki, które wpływały na jej konto, po potrąceniu kosztów serwisu związanych z obsługą transakcji, były przelewane na konto synowej.

Wyjaśnienia podatniczki zostały potwierdzone przez synową, która zeznała w postępowaniu podatkowym, że w okresie użyczenia konta, tj. od 7 czerwca 2022 r. do 31 grudnia 2022 r. osobiście zajmowała się wszelkimi czynnościami związanymi ze sprzedażą. Wyjaśniła również, że przychody ze sprzedaży wpływały na rachunek bankowy strony, ponieważ nie była możliwa zmiana rachunku bankowego na koncie Allegro.

Wyjaśnienia podatniczki oraz zeznania świadka nie zdołały jednak zmienić decyzji Urzędu Skarbowego.

Stanowisko Dyrektora Izby Administracji Skarbowej

Dyrektor Izby Administracji Skarbowej (DIAS) uznał, że zarejestrowanie czynnego podatnika VAT jest warunkiem koniecznym dla realizacji prawa do odliczenia podatku. W ocenie organu, brak rejestracji w dacie dokonania transakcji oraz brak fizycznego przedłożenia faktur w toku kontroli stanowił absolutną barierę uznania prawa podatniczki do odliczenia podatku naliczonego.

Argumentacja DIAS opierała się na tym, że dopóki podatnik nie widnieje w rejestrze to jego prawo do odliczenia pozostaje w zawieszeniu. Według Dyrektora Izby Administracji Skarbowej organ, określając zobowiązanie z urzędu, nie ma obowiązku (ani uprawnienia) do uwzględniania podatku naliczonego. Dopiero złożenie w urzędzie skarbowym formularza rejestracyjnego VAT-R powoduje, że podatnik uzyskuje status podatnika VAT czynnego i od tego dnia może skorzystać z prawa do odliczenia podatku naliczonego. W uzasadnieniu decyzji organ wskazał:

„Dopóki podatnik się nie zarejestruje na potrzeby podatku VAT jako podatnik VAT czynny, nie będzie mógł nabytego prawa zrealizować. (…). W ocenie organu, uznanie przez organy podatkowe konkretnego podmiotu za podatnika podatku od towarów i usług i jednoczesne pozbawienie tego podatnika uwzględnienia przy rozliczeniu podatku naliczonego byłoby niewątpliwie sprzeczne z zasadą neutralności oraz zasadą proporcjonalności podatku od towarów i usług. Jednocześnie podkreślenia wymaga, że nie jest sprzeczne z tymi zasadami uznanie, że dopóki podatnik się nie zarejestruje na potrzeby podatku VAT jako podatnik VAT czynny, nie będzie mógł nabytego prawa zrealizować.”.

Odnosząc się do kwestii udostępnienia konta synowej DIAS stanął na stanowisku, że zgodnie z regulaminem Allegro użytkownikowi nie wolno było korzystać z kont innych użytkowników oraz udostępniać konta innym osobom. W konsekwencji użyczenie konta synowej było niezgodne z postanowieniem regulaminu. Co więcej, wbrew twierdzeniom strony możliwym była zmiana rachunku bankowego do wpłat przypisanego do konta Allegro.

Nie przegap wartościowych informacji – zapisz się już teraz i zyskaj przewagę w zarządzaniu swoimi finansami i zobowiązaniami prawnymi!

Zasada neutralności na tle wyroku WSA – prymat przesłanek materialnych nad formalnymi

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gliwicach poddał powyższą argumentację krytyce, rozstrzygając spór na stronę podatnika. WSA w Gliwicach wywiódł, że status podatnika (art. 15 ust. 1 ustawy o VAT) powstaje obiektywnie z chwilą rozpoczęcia działalności, a nie z chwilą administracyjnej rejestracji.

WSA w Gliwicach zgodnie z przepisami ustawy o VAT oraz Dyrektywy VAT uzasadnił, że jeżeli towary i usługi wykorzystywane są na potrzeby opodatkowanych transakcji podatnika, to podatnik jest uprawniony w państwie członkowskim, w którym dokonuje tych transakcji, do odliczenia następujących kwot od kwoty VAT, którą jest zobowiązany zapłacić.

Sąd przywołał ugruntowaną linię orzeczniczą TSUE (m.in. sprawy C-183/14 Grzera), z której wywiódł, że jedynym formalnym wymogiem odliczenia jest posiadanie faktury, a nie status zarejestrowanego podatnika w momencie nabycia.

Zdaniem Sądu identyfikacja do celów podatku VAT oraz obowiązek zgłoszenia przez podatnika rozpoczęcia, zmiany i zakończenia działalności stanowią jedynie wymogi formalne do celów kontrolnych, które nie mogą podważać w szczególności prawa do odliczenia podatku od wartości dodanej, jeżeli materialne przesłanki powstania tego prawa zostały spełnione.

WSA w Gliwicach powołał się również na istotny wyrok NSA z 11 października 2011 r. sygn. I FSK 1514/10, w którym stwierdził, że wynikające z zasady neutralności prawo do odliczenia podatku naliczonego na wcześniejszych etapach obrotu od podatku należnego nie może być zatem traktowane jako przywilej, ale jako fundamentalne prawo podatnika podatku VAT i element konstrukcyjny tegoż podatku, zapewniający prawidłowe funkcjonowanie systemu podatku od wartości dodanej.

Sąd dokonał więc kluczowego rozróżnienia między „wymogami formalnymi” a „przesłankami materialnymi”. Rejestracja została uznana za wymóg czysto kontrolny, który nie może modyfikować prawa do odliczenia. Zmiana charakteru rejestracji z konstytutywnej na kontrolną ma fundamentalne znaczenie – prawo do odliczenia staje się prawem wynikającym z samej konstrukcji VAT, a nie prawem podatnika zależnym od decyzji organu podatkowego. Skład orzekający podkreślił więc, że skoro organ podatkowy nie mógł nakładać dodatkowych warunków uniemożliwiających wykonanie zasady neutralności.

Zasada proporcjonalności, a decyzje organów podatkowych – kiedy dochodzi do jej przekroczenia przy odliczeniu podatku VAT?

WSA w Gliwicach oprócz wytłumaczenia w wyroku istoty zasady neutralności, odniósł się również do zasady proporcjonalności, która w ocenie Sądu także została naruszona przez organy podatkowe.

Naruszenie tej zasady również było związane z zakazem odliczenia podatku VAT zapłaconego przy nabyciu towaru. W uzasadnieniu wyroku WSA zaznaczył, że „choć dyscyplinowanie podatników sankcjami w celu zapewnienia właściwej dbałości i dołożenia przez nich należytej staranności w zakresie właściwego i zgodnego z przepisami rozliczenia podatku od towarów i usług uznać należy za dopuszczalne, dolegliwość tych sankcji musi być rozpatrywana również w oparciu o zasadę proporcjonalności, a zatem podjęte w tym zakresie przez państwo środki nie powinny wykraczać poza to, co niezbędne dla realizacji takiego celu, i nie mogą być wykorzystywane w sposób podważający prawo do odliczenia podatku VAT”.

Zgodnie ugruntowanym orzecznictwem NSA, zasada ta powinna być rozumiana jako „granica dozwolonego działania organów władzy”, czyli zakaz stosowania zbyt mocnych sankcji względem podatnika, gdy określony cel można osiągnąć za pomocą mniej dolegliwych środków dla jednostki.

Sąd jednoznacznie w omawianej sprawie uznał, że pozbawienie podatnika prawa do uwzględnienia w rozliczeniu podatku naliczonego, ponieważ podatnik, błędnie przeświadczony, że korzysta ze zwolnienia z podatku od towarów i usług, nie dokonał zgłoszenia rejestracyjnego mimo ciążącego na nim obowiązku, jest sprzeczne z zasadą proporcjonalności.

Uchybienia procesowe organów podatkowych

Wyrok WSA w Gliwicach WSA I SA/Gl 680/25 stanowi również surowe pouczenie w zakresie procedury dowodowej. Sąd uznał, że organy prowadziły postępowanie w sposób „jednokierunkowy”.

Szczególne znaczenie miało zignorowanie przez DIAS dowodów z faktur firmy kurierskiej. Z materiału dowodowego wynikało, że faktury te kończyły się na lipcu 2022 r. Sąd zwrócił uwagę, że skoro sprzedaż internetowa jest nierozerwalnie związana z transportem, brak wysyłek po tej dacie czynił tezę organu o prowadzeniu przez Skarżącą sprzedaży do grudnia 2022 r. całkowicie niewiarygodną. W związku z tym, skoro taki transport nie był realizowany na rzecz skarżącej, to być może rzeczywiście zakupiony przez skarżącą towar sprzedawała jej synowa w ramach prowadzonej przez nią działalności gospodarczej.

Dodatkowo, Sąd wskazał na zaniechanie w zakresie wykorzystania wiedzy posiadanej przez organ z urzędu (danych z JPK_VAT kontrahentów). Organ miał obowiązek uwzględnić podatek naliczony wynikający z tych rejestrów, nawet przy braku fizycznego przedłożenia faktur przez podatniczkę. Sąd podkreślił, że organ musi dążyć do ustalenia obiektywnego wymiaru podatku, co obejmuje oba elementy równania VAT: podatek należny i naliczony.

Podsumowanie

Wyrok WSA w Gliwicach I SA/Gl 680/25 jest przede wszystkim orzeczeniem ustanawiającym jasne ramy dla rozumienia zasady neutralności oraz zasady proporcjonalności w odniesieniu do prawa odliczenia podatku naliczonego. Z orzeczenia wynika więc, że w kontekście zasady neutralności, podatek ma obciążać konsumenta, a nie przedsiębiorcę. Odmowa odliczenia czyni z VAT sprzeczny z jego istotą. Z kolei w kontekście zasady proporcjonalności całkowite pozbawienie prawa do odliczenia z powodu uchybienia rejestracji jest sankcją nadmierną i nieadekwatną do celu kontrolnego. Zgodnie z dorobkiem NSA państwo może stosować inne, mniej dotkliwe kary za brak rejestracji niż zakaz odliczenia podatku naliczonego.

Kluczowym wnioskiem z omawianego wyroku jest fakt, że brak statusu czynnego podatnika VAT nie pozbawia prawa do odliczenia, o ile towary lub usługi zostały wykorzystane do czynności opodatkowanych. Z kolei organ podatkowy wydający decyzję ma obowiązek uwzględnić podatek naliczony „z urzędu”, jeśli fakt dokonania transakcji zakupowych nie budzi wątpliwości.

Oprócz powyższego, wyrok WSA jasno wskazuje, że organ podatkowy jest zobowiązany do wyczerpującego zbadania stanu faktycznego w taki sposób, aby nie budził on wątpliwości dotyczących meritum sprawy. W opisywanym przypadku organ uchybił dyspozycji art. 21 § 3 Ordynacji podatkowej, opierając się na niepełnym materiale dowodowym i nałożył na podatniczkę niewspółmierną sankcję za okres, w którym działalność gospodarcza nie była już przez nią prowadzona.

Autor: Kacper Fabiański