Kontrola podatkowa – czym jest, jak przebiega i co warto wiedzieć, zanim urząd zapuka do drzwi?

Kontrola podatkowa potrafi wywołać stres nawet u przedsiębiorców, którzy rozliczają się prawidłowo i posiadają pełną dokumentację. W praktyce jednak kontrola to procedura sformalizowana, oparta na przepisach, z jasno określonymi granicami działania organów oraz prawami podatnika. Świadomość tych zasad pozwala przejść przez kontrolę spokojniej i uniknąć kosztownych błędów.

Celem kontroli podatkowej jest sprawdzenie, czy kontrolowani wywiązują się z obowiązków wynikających z przepisów prawa podatkowego.

Poniżej znajdziesz rzetelny, praktyczny przewodnik po kontroli podatkowej od jej wszczęcia, przez przebieg, po możliwe konsekwencje. Uwzględniam także wpływ KSeF, czynności sprawdzające, kontrolę celno-skarbową oraz typowanie przedsiębiorców na podstawie analizy ryzyka. Kontrole podatkowe obejmują różne aspekty działalności gospodarczej i są prowadzone na podstawie ordynacji podatkowej. Warto podkreślić, że kontrole podatkowe zmieniają swój charakter wraz z rozwojem narzędzi cyfrowych, takich jak KSeF, co wpływa na ich szybkość i efektywność.

Definicja i zakres kontroli podatkowej

Kontrola podatkowa została uregulowana w Dziale VI Ordynacji podatkowej. Jej celem zgodnie z art. 281 § 2 jest sprawdzenie, czy podatnik, płatnik lub inkasent wywiązują się z obowiązków wynikających z przepisów prawa podatkowego. W dokumentach związanych z kontrolą, takich jak upoważnienie czy zawiadomienie, niezbędne jest określenie zakresu kontroli oraz wskazanie podstawy prawnej, na podstawie której organ przeprowadzający kontrolę podejmuje czynności.

Kontroli podlegają m. in.:

• rozliczenia VAT, PIT, CIT,
• kwalifikacja kosztów,
• dokumentacja transakcji,
• prawidłowość ewidencji (KPIR, księgi rachunkowe),
• rozliczenia środków trwałych,
• deklaracje i JPK,
• kwestie związane z opodatkowaniem działalności gospodarczej.

Organem przeprowadzającym kontrolę jest najczęściej naczelnik urzędu skarbowego, działający w imieniu organów podatkowych. Organem właściwym może być także urząd miasta/gminy (np. podatek od nieruchomości) lub naczelnik urzędu celno-skarbowego, ale to już inny tryb.

Organy przeprowadzające kontrolę podatkową

Kontrolę podatkową w Polsce przeprowadzają przede wszystkim organy podatkowe pierwszej instancji, czyli naczelnicy urzędów skarbowych oraz dyrektorzy izb administracji skarbowej. W określonych przypadkach do przeprowadzenia kontroli podatkowej uprawnione są także urzędy celno-skarbowe, zwłaszcza gdy kontrola dotyczy podatków i opłat celno-skarbowych. Wszystkie te organy działają na podstawie przepisów prawa podatkowego, w szczególności ordynacji podatkowej, i są zobowiązane do sprawdzania, czy podatnicy wywiązują się z obowiązków wynikających z przepisów prawa.

Wszczęcie kontroli podatkowej następuje z urzędu, a organ podatkowy musi posiadać odpowiednie upoważnienie do przeprowadzenia kontroli. W praktyce oznacza to, że kontrola podatkowa nie jest wynikiem przypadku, lecz decyzji organu podatkowego, który podejmuje działania w oparciu o zgromadzone informacje lub analizy ryzyka. Kontrola może być również elementem szerszego postępowania podatkowego, którego celem jest ustalenie lub określenie wysokości zobowiązania podatkowego. Organy podatkowe, realizując swoje zadania, muszą działać w granicach wynikających z przepisów prawa i respektować prawa podatnika na każdym etapie przeprowadzenia kontroli.

Wszczęcie kontroli podatkowej – jak to wygląda?

Co do zasady kontrola rozpoczyna się przez doręczenie:

1. upoważnienia do kontroli,
2. okazanie legitymacji służbowej.

Wszczęcie kontroli podatkowej następuje przez doręczenie kontrolowanemu upoważnienia oraz zawiadomienia o zamiarze wszczęcia kontroli. Obowiązek zawiadomienia organu podatkowego oraz określenie dnia doręczenia zawiadomienia mają kluczowe znaczenie dla prawidłowego przebiegu procedury.

Przed tym etapem podatnik otrzymuje zawiadomienie o zamiarze wszczęcia kontroli (art. 282b o.p.), które powinno zawierać wskazanie zakresu kontroli oraz przewidywany termin zakończenia kontroli.

Terminy:

• Kontrola może rozpocząć się po 7 dniach, ale przed upływem 30 dni liczonych od dnia doręczenia zawiadomienia.
• Jeżeli organ nie rozpocznie działań w ciągu 30 dni od dnia doręczenia zawiadomienia, musi wysłać nowe zawiadomienie.

Czy można przyspieszyć kontrolę?

Tak, ale tylko na wniosek albo za zgodą podatnika. Praktycznie nie warto tego robić, ponieważ czas między zawiadomieniem a kontrolą jest momentem na przygotowanie dokumentacji.

Skontaktuj się z nami poprzez formularz kontaktowy, wspólnie przeanalizujemy Twoją sytuację.

Kiedy kontrola może być niezapowiedziana?

Ustawa przewiduje liczne wyjątki (art. 282c o.p.). Najczęstsze sytuacje to:

• kontrola zasadności zwrotu VAT, a także w przypadku kontroli podatkowej dotyczącej zasadności zwrotu podatku organ podatkowy może wszcząć kontrolę bez wcześniejszego zawiadomienia,
• niezgłoszona działalność gospodarcza,
• nieujawnione źródła przychodów,
• czynności dotyczące kasy fiskalnej,
• kontrola oparta na informacjach z systemów przeciwdziałania praniu pieniędzy (AML),
• pilna potrzeba zabezpieczenia dowodów, w tym także w celu przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa, przestępstwa skarbowego, przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa skarbowego oraz wykroczenia skarbowego.

Organ podatkowy posiada informacje, które mogą uzasadniać przeprowadzenie kontroli bez zapowiedzi, zwłaszcza w celu przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa lub przestępstwa skarbowego.

Po wejściu kontrolujących do firmy organ musi wskazać przyczynę braku zawiadomienia oraz poinformować o zamiarze wszczęcia kontroli podatkowej.

Jak przebiega kontrola podatkowa? Gdzie i jak długo trwa?

Kontrola odbywa się:

• w siedzibie podatnika,
• w miejscu przechowywania dokumentacji,
• albo — za zgodą podatnika — w siedzibie organu,
• a także w siedzibie organu podatkowego, jeśli wynika to z charakteru czynności kontrolnych.

Czynności kontrolnych dokonuje się w zakresie objętym kontrolą oraz w zakresie wynikającym z upoważnienia do przeprowadzenia kontroli.

Kontrolujący mają prawo:

• przeglądać dokumenty,
• zabezpieczać dowody,
• pobierać dane w formie elektronicznej,
• przeprowadzać oględziny,
• przesłuchiwać pracowników,
• sporządzać kopie, zdjęcia, nagrania.

Kontrolowany prowadzi księgi podatkowe i ma obowiązek dostarczać kontrolującemu żądane dokumenty, także za pomocą środków komunikacji elektronicznej, jeśli jest to wymagane.

Limity czasu kontroli (Prawo przedsiębiorców):

• micro – 12 dni roboczych,
• małe – 18 dni roboczych,
• średnie – 24 dni robocze,
• pozostałe – 48 dni.

Wyjątek: kontrola dotycząca przestępstw lub wykroczeń skarbowych.

Uwaga: do limitu liczy się wyłącznie czas, kiedy urzędnik fizycznie przebywa w firmie.

Czynności kontrolne – co robią kontrolerzy w praktyce?

Czynności kontrolne w ramach kontroli podatkowej obejmują szereg działań, których celem jest weryfikacja, czy podatnik prawidłowo realizuje obowiązki wynikające z przepisów prawa podatkowego. Kontrolerzy mogą żądać udostępnienia wszelkiego rodzaju dokumentów związanych z prowadzoną działalnością gospodarczą, w tym ksiąg podatkowych, faktur, umów czy ewidencji. W praktyce często proszą o okazanie dokumentacji zarówno w siedzibie kontrolowanego, jak i w innym miejscu przechowywania dokumentacji, jeśli takie zostało wskazane.

W trakcie przeprowadzenia kontroli podatkowej kontrolerzy mają prawo do przeprowadzania oględzin majątku, dokonywania spisu z natury, a także przesłuchiwania świadków oraz samego podatnika. Mogą również żądać udostępniania akt i innych dokumentów, które są przedmiotem kontroli. Wszczęcie kontroli podatkowej następuje przez doręczenie kontrolowanemu imiennego upoważnienia oraz okazanie legitymacji służbowej, co stanowi formalny początek czynności kontrolnych.

Po zakończeniu kontroli podatkowej sporządzany jest protokół kontroli, w którym opisane są dokonane ustalenia faktyczne, ocena prawna oraz pouczenie o prawie do złożenia korekty deklaracji i zgłaszania zastrzeżeń. Kontrolowany ma prawo w terminie 14 dni od dnia doręczenia protokołu kontroli zgłosić swoje wyjaśnienia lub zastrzeżenia, wskazując równocześnie stosowne wnioski dowodowe. Cały proces czynności kontrolnych ma na celu rzetelne ustalenie stanu faktycznego i ocenę, czy podatnik wywiązuje się z obowiązków wynikających z przepisów prawa podatkowego.

Prawa podmiotu kontrolowanego

Podatnik ma prawo do:

• uczestniczenia w czynnościach kontrolnych,
• działania przez pełnomocnika,
• żądania okazania legitymacji i upoważnienia,
• składania wyjaśnień,
• zgłaszania zastrzeżeń, wskazując równocześnie wnioski dowodowe,
• dostępu do akt oraz żądania udostępniania akt,
• sporządzania kopii dokumentów.

Ma także prawo do sprzeciwu wobec czynności naruszających przepisy Prawa przedsiębiorców (np. żądanie dokumentów spoza zakresu kontroli).

Obowiązki podmiotu kontrolowanego

Kontrolowany musi m. in.:

• udostępnić dokumenty i księgi w zakresie wynikającym z przepisów prawa oraz w sprawie będącej przedmiotem kontroli,
• zapewnić dostęp do pomieszczeń w zakresie wynikającym z przepisów prawa oraz w sprawie będącej przedmiotem kontroli,
• udzielać wyjaśnień w zakresie wynikającym z przepisów prawa oraz w sprawie będącej przedmiotem kontroli,
• dostarczyć tłumaczenia dokumentów obcojęzycznych w zakresie wynikającym z przepisów prawa oraz w sprawie będącej przedmiotem kontroli,
• zapewnić warunki pracy kontrolującym w zakresie wynikającym z przepisów prawa oraz w sprawie będącej przedmiotem kontroli.

Obowiązki te wykonuje się na własny koszt.

KSeF a kontrola podatkowa – nowa jakość kontroli

Krajowy System e-Faktur całkowicie zmienia sposób prowadzenia kontroli. Urząd otrzymuje natychmiastowy dostęp do faktur i może analizować je algorytmicznie. Pobieranie danych elektronicznych w ramach KSeF wymaga jednak udokumentowanego pobierania danych, co zapewnia prawidłowość i wiarygodność dowodów w postępowaniach sądowych lub podatkowych.

Co daje KAS-owi KSeF?

• szybkie wykrywanie anomalii (np. korekty bez uzasadnienia),
• możliwość porównania danych między kontrahentami,
• sprawdzanie zgodności JPK z e-fakturami,
• monitorowanie łańcuchów dostaw,
• automatyczne wskazywanie transakcji ryzykownych.

Najczęstsze błędy wykrywane poprzez KSeF:

• błędny NIP,
• nieprawidłowa data sprzedaży,
• brak powiązania faktury z umową/dostawą,
• niewłaściwe oznaczenia procedur,
• masowe korekty zwiększające VAT naliczony,
• rozbieżności KSeF – JPK.

Każdy z tych błędów może skutkować:

• wezwaniem do wyjaśnień,
• czynnościami sprawdzającymi,
• kontrolą podatkową.

KSeF nie zastępuje dokumentacji!

Faktura w systemie nie udowadnia, że transakcja miała miejsce.
Nadal trzeba przechowywać:

• umowy,
• protokoły odbioru,
• dokumenty transportowe,
• potwierdzenia płatności,
• korespondencję handlową.

Jak wygląda protokół kontroli podatkowej?

Kontrola kończy się sporządzeniem protokołu (art. 290 o.p.), który zawiera:

• dane stron,
• zakres i czas kontroli,
• opis ustaleń,
• ocenę prawną,
• dowody,
• pouczenia.

W protokole kontroli znajduje się szczegółowy opis dokonanych ustaleń faktycznych, który stanowi podstawę do dalszych działań organu oraz podatnika. Dalsze działania są podejmowane zgodnie z ustaleniami protokołu.

Podatnik ma 14 dni na:

• złożenie zastrzeżeń,
• korektę deklaracji.

Organ ma kolejne 14 dni na odniesienie się do zastrzeżeń.

Co dzieje się po zakończeniu kontroli?

Jeżeli kontrola wykaże nieprawidłowości, a podatnik nie skoryguje deklaracji, to organ wszczyna postępowanie podatkowe (ma na to 6 miesięcy od zakończenia kontroli). Wszczęciu postępowania podatkowego uznaje się za możliwe od dnia zakończenia kontroli podatkowej. Jeśli kontrolowany akceptuje ustalenia poczynione w trakcie kontroli, może skorzystać z prawa do korekty deklaracji.

Postępowanie podatkowe kończy się decyzją określającą:

• zaległy podatek,
• odsetki,
• ewentualne sankcje.

Ustalenia kontroli i postępowania mogą się różnić, ponieważ w trakcie postępowania podatkowego prowadzonego w celu ustalenia prawidłowości rozliczeń w sprawie będącej przedmiotem kontroli podatkowej mogą pojawić się nowe dowody.

Typowanie przedsiębiorców do kontroli – jak działa analiza ryzyka?

Urząd korzysta z zaawansowanych systemów informatycznych, m. in.

• JPK_VAT – analiza rozbieżności,
• STIR – podejrzane przepływy bankowe,
• SENT – kontrola towarów wrażliwych,
• MPP – anomalie w split payment,
• MDR – schematy podatkowe,
• DAC-7 – raportowanie platform internetowych.

Typowanie przedsiębiorców do kontroli obejmuje różne obszary działalności gospodarczej i odbywa się w zakresie objętym kontrolą, który jest precyzyjnie określany przez urząd. Przedsiębiorcy są typowani na podstawie:

• nietypowych odliczeń,
• niezgodności między dokumentami,
• dużych korekt „na plus”,
• transakcji z podmiotami zagranicznymi,
• relacji z podmiotami powiązanymi,
• branż podwyższonego ryzyka (np. budowlanka, transport, elektronika).

Coraz częściej stosowane są również nabycia sprawdzające, czyli „tajemniczy klient” sprawdza, czy podatnik wydaje paragony.

Kontrola podatkowa a kontrola celno-skarbowa – najważniejsze różnice

Kontrola celno-skarbowa jest bardziej „agresywnym” trybem, stosowanym m. in. w karuzelach VAT, nieujawnionych dochodach i transakcjach międzynarodowych.

Dołącz do grona subskrybentów newslettera, by być na bieżąco ze zmianami w prawie.

Kontrola podatkowa a postępowanie karne skarbowe (KKS)

Wszczęcie KKS zawiesza bieg przedawnienia, dlatego organy często używają go instrumentalnie. Sądy coraz częściej uznają takie działania za nadużycie, ale podatnik musi podnieść ten zarzut.

Sygnalizatory instrumentalnego KKS:

• wszczęcie tuż przed przedawnieniem,
• brak realnych czynności w sprawie,
• dublowanie dowodów z kontroli,
• wszczęcie przed protokołem kontroli.

W takiej sytuacji warto rozważyć wsparcie profesjonalnego pełnomocnika.

Jak przygotować firmę do kontroli podatkowej?

Na podstawie spraw, którymi zajmuję się na co dzień, rekomenduję:

Przygotowanie dokumentacji powinno odbywać się w zakresie wynikającym z przepisów prawa podatkowego, aby spełnić minimalne wymagania formalne podczas kontroli.

Uporządkowaną dokumentację:

• księgi,
• ewidencje,
• umowy,
• potwierdzenia płatności,
• dokumenty transportowe.

Procedury wewnętrzne:

• weryfikacja kontrahentów (w tym „biała lista”),
• zasady wystawiania faktur,
• obieg dokumentów,
• opis procesów księgowych.

Strategię na kontrolę:

• wyznaczona osoba do kontaktu,
• wyłącznie pisemne komunikaty z urzędem,
• nieudzielanie zbędnych informacji,
• wsparcie prawnika w sytuacjach ryzykownych.

Samokontrolę JPK i KSeF

Regularna weryfikacja danych chroni przed błędami, które urząd widzi od razu.

Podsumowanie

Kontrola podatkowa to procedura uregulowana, przewidywalna i możliwa do przejścia spokojnie, jeśli przedsiębiorca zna swoje prawa i obowiązki. W praktyce największe problemy pojawiają się nie dlatego, że przedsiębiorca „coś ukrywa”, ale dlatego, że:

• nieporządkuje dokumentów,
• reaguje chaotycznie,
• nie zna granic kompetencji organu,
• udziela zbyt szerokich wyjaśnień,
• nie przygotowuje się na konsekwencje KSeF.

Podstawą prawną kontroli podatkowej jest ustawa z dnia 29 sierpnia 1997 r. Ordynacja podatkowa, która precyzuje zasady i cele tego procesu.

Jeżeli potrzebujesz wsparcia w przygotowaniu firmy do kontroli, reakcji na zawiadomienie lub opracowaniu strategii odpowiedzi, możesz skontaktować się przez formularz kontaktowy.

Pomagam przedsiębiorcom przechodzić przez kontrole spokojniej, mądrzej i z pełną ochroną interesów.